从已公布年报的上市公司看，尽管大部分公司已建立起较为科学合理的激励机制，但不可否认，高管薪酬制度仍存在不少问题，如高管薪酬与管理绩效是否成正比，高管与其他员工的收入是否拉开合理差距，如何平衡对高管的奖励与对股东的回报两者的关系等，尽快解决这些问题有利于进一步完善高管激励机制。
首先，部分上市公司高管薪酬与管理绩效未达到合理匹配，这是目前高管薪酬制度中最常见的问题。这主要表现在三个方面，一是没有真正体现“按劳分配”的基本原则。如ST科龙2002年前三季度净利润为1.337亿元，并有望扭亏为盈，其董事长仅象征性地领取1元报酬；五粮液2002年净利润高达6.13亿元，而前三名高管的总薪酬仅为15.52万元，高管人员收入总额也只为41.96万元。
二是“旱涝保收型”。据统计，有近百家上市公司只有奖励措施，却没有惩罚机制，即使企业当年未能完成预定任务，高管也不须承担任何责任或遭受物质惩罚。如某电力上市公司规定，如果当年公司的净资产收益率高于9%，则可提取净利润的5%做奖励；但若净资产收益率在6%以内，高管仍可提取净利润的3%作奖励。由于公司此前的净资产收益率都在9%以上，有业内人士估计这是公司的正常盈利水平。如果每年均能维持2001年的净利润8000万元左右，公司高管每年就可提取400万元奖励金。
三是公司效益与高管收入成反比。一些企业效益逐年下滑，但高管收入却节节攀升。安徽一家公司2002年出现亏损，但前三名董事的薪酬总额却高达30.81万元，比前一年公司盈利时的收入还高出3倍多。山东某上市公司2002年由于各种原因导致业绩巨亏2.65亿元，但高管领取的薪酬总额高达160万元，比2001年的72.6万元翻了一番。
其次，上市公司高管人员与普通员工之间的劳动付出和分配未能拉开档次。一家地处武汉的资源类上市公司的高管人均收入约为8至10万元，该公司有关负责人坦言，公司业绩一直保持良好的增长势头，但由于体制等原因，高管的收入在当地仅属中等偏上一点水平，与普通员工也没有拉开差距。一些西北部上市公司的高管人均年薪在3万元左右，甚至每个月收入仅比普遍员工高出几百元。
